Para crear el setup de tu proyecto, debes primeramente generar tu archivo .exe desde visual basic, luego cierras la aplicacion y abres el asistente de empaquetado, se instala con el VB 6.0 este te guia paso a paso para generar un instalador muy bueno, y no necesitas instalar el VB 6.0 en la pc donde tendras tu sistema.

otras opciones son:
- Inno setup (de pago)
- Interdev (viene con la version Enterprise de VB 6.0, muy bueno)
- Install Shield (de pago, el mejor que yo conozco hasta hoy dia, me funciona super bien)
- Install Creator (tiene una version Free, sencillo y muy bueno, solo que debes agregar todo manualmente)

y hay otros mas pero estos son los que me vienen a la cabeza ahora mismo, te recomiendo que pruebes el asistente de empaquetado, para que veas como se van agregando las referencias del proyecto, archivos adicionales, etc.

a mi este me funciono en cualquier version de Windows, pero luego dejaba de funcionar, pero fue muy aleatorio, a veces fucionaba otras no. pero el interdev siempre me funcionaba, no tuve problemas con ese...